Zur Prophylaxe zählen alle Maßnahmen, die dazu dienen, eine Beeinträchtigung der Gesundheit durch Risikofaktoren, Krankheiten oder Schäden vorzubeugen. Zu den gängigen prophylaktischen Maßnahmen gehören z.B. Quarantäne von Zukaufstieren, Rein-Raus-Verfahren, Krankenabteil bzw. Isolierung von infektiösen Einzeltieren, Futter- und Trinkwasserhygiene und im Besonderen Impfmaßnahmen.
Strategische Impfungen (Intranasal, zur Injektion) können einen entscheidenden Beitrag zur Herstellung einer Balance zwischen dem Infektionsdruck im Betrieb, dem Immunsystem der Tiere, dem Management und der Umwelt liefern.
Bei der Metaphylaxe werden noch nicht klinisch erkrankte Tiere behandelt, bei denen aufgrund erhöhten Risikos eine Erkrankung zu erwarten ist. Ein erhöhtes Erkrankungsrisiko kann bei beginnenden Infektionskrankheiten einzelner Tiere einer Gruppe vorliegen. Eine Metaphylaxe ist dann begründet, wenn vor Beginn der metaphylaktischen Behandlung eine Erkrankung in der Herde nachgewiesen wurde.